培训学院下设教务部、培训一部、培训二部、培训三部、综合部五个处级机构。教务部主要负责文稿调研、教学管理和对外交流等，培训一部主要负责“关键少数”培训班次及重大政治任务轮训等，培训二部主要负责外交部新入职干部、青年业务骨干等外交人员基础党建和业务培训等，培训三部主要负责外事干部和外国外交外事人员来华培训各类班次，综合部主要负责行政后勤和网络培训相关工作。